黄大年虽然这么忙，但是却花了大量的时间在学生们身上。他回国不久，就主动担任“李四光实验班”本科班的班主任。吉林大学地球探测科学与技术学院研究生乔中坤说：“黄老师是一个好老师，是一个好父亲，对我们来说也是一个好兄弟。他从来没有放松过对我们学习上的把控， 在出差之前就会告诉大家，出差几天， 给大家安排好学习任务，在回来之后，一人要交一个学习报告，中途有什么问题可以发邮件来咨询我。”
长年的超负荷工作使黄大年的身体不堪重负，2016年12月，黄大年多次在出差途中、在会场上发生晕厥。学校强制安排他入院进行全面检查。检查结果显示黄大年患上了胆管癌。病情危急，经多方治疗，终因医治无效，2017年1月8日，年仅58岁的黄大年教授病逝。来自社会各界的近800人，带着伤痛和怀念默默垂泪悼念送别。
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